1、微生物肥料與化肥或腐熟的有機肥料混用時切記現施現混，切不可過早混拌。

2、使用微生物肥料時應當時拆封當時用完。

3、微生物肥料應在陰涼、干燥、避光、通風的庫房中貯存，在運輸中應防雨、防潮、防曬、防破損、避免長時間高溫。

4、避免在高溫、干旱、低于5℃的環境條件下施用微生物肥料。

5、微生物肥料不宜與水分含量高、過酸或過堿、顆粒強度不夠的化肥及未經充分腐熟的有機肥料同時混用。

6、微生物肥料可以和相同劑型的并經過充分稀釋后的的殺蟲類農藥制劑（原藥、強酸制劑、堿性制劑、除草劑除外）同時混用，但混用前必需做小面積田間試驗。

7、某些新型微生物肥料可以和某些相同劑型并經過充分稀釋后的殺菌類農藥制劑（原藥、堿性與強酸制劑除外）同時混用，但混用前應先向制造商咨詢并必需做小面積田間試驗。

8、施用作物應在制造商獲得的農業農村部微生物肥料登記證中批準的適用作物范圍內涵蓋本作物。

9、未獲得國家農業農村部批準登記的微生物肥料產品，不能進入市場流通。